Et fyr som kunne vise vei i leden langs Jæren og inn til Tananger, var lenge ønsket nord på Jærkysten. I budsjettet for 1860 til -63 ble det prioritert av Stortinget, og allerede i 1862 sto det ferdig. Fyret ble plassert på den vesle øya Flatholmen, som ligger mellom Tananger og den store øya Rott.
Fyret ble bygget som et familiefyr og skulle betjenes av en fyrvokter og hans husstand. Fyrlykten ble plassert i et lavt tårn på taket av bolighuset. Året etter ble det bygget naust, og i 1894 ble det satt opp et nytt uthus med bryggerhus.
Samme år skjedde det en tragisk ulykke ved fyret. Da sto de to døtrene til fyrvokteren på fyret og så at faren og to brødre kullseilte på vei ut til fyret. De klarte å redde den ene broren, men den andre og faren ble borte. Respekten for farens jobb satt dypt. Samtidig som redningsaksjonen pågikk, klarte de to jentene å holde fyret i drift. I 1992 ble de to søstrene, Bertine og Ester, hedret med en statue i Hab’n i Tananger.
Fyret ble avfolket og automatisert i 1984. Siden begynnelsen av 2000-tallet har ulike organisasjoner organisert publikumstilbud på Flatholmen. I 2023 inngikk Sola kommune leieavtale med Kystverket. Kommunen har leid fyret videre til Flatholmen Fyrs Venner. Venneforeningen holder fyret åpnet og tilgjengelig for allmenheten, men inntil videre vil det ikke være mulig å tilby overnatting. Dette håper venneforeningen etter hvert å kunne tilby. Øya og fyranlegget er tilgjengelig for turgåere, som oppfordres til å vise hensyn til fuglelivet.
Oppdatert 2023, NFF.